当时郑经已死，其子郑克塽袭位，称延平王，凡事皆决之刘国轩等，表示愿意对清称臣进贡，不剃发登岸如琉球、高丽那样。姚启圣上奏，康熙帝不许，命水师提督施琅攻取台湾。

康熙二十二年六月，施琅取澎湖。八月，姚启圣至澎湖经理粮饷，施琅攻克台湾，郑克塽、刘国轩等人皆降，姚启圣还兵福州。

疏入，命姚启圣回奏，不久姚启圣奏言：

“臣于康熙十七年十月，进兵至凤皇山，因一时投诚者甚多，犒赏不继，与抚臣吴兴祚议及外省贸易颇有微息，前督臣李率泰、经略臣洪承畴曾借帑为之，遂冒昧上疏未蒙俞，允臣等虽因公起见，然不应以细事上渎宸聪。

臣自入任京中，未有产业，而军前捐银十五万有奇者，香山革职后贸易七年，颇积微赀。并臣浙江祖业变价，及亲朋借贷经年累月，而后有此数。

臣视师漳南於康熙十七年七月，巡边至省，见总督衙门被耿精忠屯兵居住，以致拆毁倒塌。臣因捐赀修整，每日所用匠夫不过数十名，各给口粮，工价栅外。

有员役搭盖小房，令其自行拆去。至臣妾数人，俱有子女，年已老大，并无歌儿舞女。强娶戴玑孙女更无其事，教官戴法乃前督臣郎廷佐批委者，臣到任时，戴法已署事八月矣。

康熙十八年十一月，臣有密陈进剿机宜清字一疏，请水陆各分五路进兵，内称转盼来春。南风一起，船只难行，又须坐守一年，徒费钱粮。

臣彼时尚尔踊跃，岂至次年辄肯迟滞，且抚臣一经拜疏出师，臣即会同将军杨捷亲领官兵进攻乌屿、海仓并十九寨，上下夹攻，以分贼势。

至得厦门之后，即攻台湾，臣先於十八年九月有密陈一统规模清字一疏云，前得厦门弃而不守，亦不再攻台湾，将船只尽毁，以致海贼复起。

我兵无船可用，今托皇上洪福，如得厦门之后，即进剿台湾，不难破卯覆巢。是臣欲攻台湾始终如一，非既得厦门，方请直取台湾也。

又十七年九月，臣等大败海贼於蜈蚣山，实因兵单不能分取海澄、观音山等处。至十月中，催各路官兵到漳，而贼已深沟高垒矣，平南将军臣赉塔、抚臣吴兴祚、提臣杨捷及臣等会商，若止於陆路进兵，断难必胜决，须水陆夹攻，臣百端筹画，不敢轻举遗误封疆

。审有可取之机，方敢上疏自请督师，非姑为是言也。侍郎臣温岱入奏之言，臣得之朱天贵，天贵六月到漳招抚投诚之说，天贵言之，而後臣知之。

总之，抚臣、提臣拜疏出师，则平贼之首功已定，臣何所容其惭妒乎？温岱曾云总督、提督俱要和衷，臣因望阙跪，誓不肯负恩，岂跪部臣乎？

臣任闽三载虽无妒功之心，实有溺职之罪，伏祈勅部严加议处，另简贤能，庶臣心安而臣心白矣。”

康熙二十二年十一月，姚启圣还兵福州不久背部旧疾复发，很快病故，终年六十。

康熙二十三年九月，朝廷商议姚启圣修造船舶、军械虚报帑金四万七千两有奇，应予追缴。康熙念姚启圣生前劳苦，免于追缴。