同先期到达的郝摇旗等部会师，并联合当地其他反清武装，组成了夔东十三家军。

最后在方圆150余华里的茅麓山高山之上、密林深处，建立起抗清根据地。

他实行屯田自给、予民休息的政策，关怀山中百姓疾苦，深得民心，都称他“小闯王”。他多次率兵出击，给清军以沉重打击。

永历四年，李来亨与党守素击败孙可望，屯兵竹山、房县，出没宜城、南漳、均州、谷城，晋封三原侯。

永历五年，入巴、归之间，屯兵巫山、施州，建帅府于湖北省兴山县的茅麓山，实行屯田自给、与民休息的政策，关怀山中百姓疾苦，深得民心。

永历七年，收复夷陵。永历八年)，高一功卒，众人推举李来亨为帅，所部精锐三万人。

永历十年，永历帝命文安之出师，李定国暗中联络故将，命提督御前营，封征虏大将军、太子少保、临国公。

永历十一年，攻远安，蜀将不能抵御。永历十二年，屯施州。

永历十三年，夔东十三家在李来亨带领下，围攻重庆，支援李定国，但是由于谭弘的背叛，只好撤退巫、巴。

永历十六年，清湖广总督张长庚宣布永历政权灭亡的消息，招降李来亨不应。

李来亨奉韩王朱璟溧为正朔，继续抗清。七月，清四川总督李国英屯兵万县。

康熙二年，李国英、李长庚、总兵于大海集中秦、豫、楚、蜀四省十万兵力，后勤二十万人，分兵三路围攻夔东农民军。

一路自荆州、夷陵攻远安、兴山、巴东、归州;一路自兴安、郧阳攻房县、竹山、竹溪;一路自万县攻打夔州、建始、巫山、大宁(今重庆巫溪)、大昌。

次年春攻入茅麓山。李来亨放弃九莲坪，将清军诱入险地，毙伤敌约万人，会同郝摇旗等挫败了清军围攻，李国英侥幸逃回巫山。

康熙三年，清政府集中秦、豫、楚、蜀四省清军和满洲八旗兵，共十万大军在靖西将军穆里玛的指挥下，围攻茅麓山。

李来亨奋起迎敌，满洲兵在李来亨的炮火、檑木、滚石的打击下，纷纷坠崖落涧，伤亡惨重，高级指挥官贺布索、穆里玛之子苏尔马均被击毙。

清军改变策略，对茅麓山所有出口，严防死守，长期围困，企图困死明军。

双方相持数月，李来亨部物资消耗殆尽。

李来亨在六月曾组织两次突围，虽拼死奋战，但寡不敌众，无法突出重围，知道已到最后关头，决心与明朝的最后一片河山共存亡。

李来亨处死了清方派来招降的叛徒李有实。

8月4日，寨内弹尽粮绝。李来亨事先妥善安排了年迈母亲的生路，后与妻、子等家人扑向熊熊烈火，壮烈牺牲，谱写了一曲气壮山河的千秋正气歌。

虽然我们对李来亨的生年和早期情况都不清楚，甚至连他的儿姓名都无从考察，但英勇为民族献身的精神确实令人钦佩不已。

李来亨父子牺牲后，部下士卒除少数投降外，都在混战中壮烈捐躯。

清朝将领惟恐有明军将士潜藏逃出，派了大批兵丁“四山搜剿”，穷凶极恶地实行斩草除根，用他们自己的话说是“扫穴无遗类”

至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争坚持了二十年之久，以失败告终，大陆上公开以恢复明朝为旗帜的武装抗清运动结束了。

南明灭亡、华夏民族被打断脊梁昏睡三百多年的历史也由此正式开始。

当然这是历史上的李来亨，现在历史进程已经被朱由检改变，李来亨也没有几乎重新谱写自己的悲壮历史。

在李岩投靠大明后，将李来亨招到自己麾下，在大明攻打蒙古和盛京时，他率兵从甘肃前来支援。