蒲江县：元省入邛州。洪武六年末(1374)复置蒲江县，来属嘉定府；成化十九年(1483)改属邛州。西有双路巡司。
嘉定州：元为嘉定路。洪武四年(1371)改置嘉定府，属行省；九年(1376)降为嘉定直隶州，并省倚郭龙游县入州。东南有金石井巡司，后废。
峨眉县：西南有中镇巡司，后迁县境大围山。
夹江县：洪雅县：元省入夹江县。成化十八年(1482)复置洪雅县，来属嘉定州。西有竹箐山巡司。
犍为县：洪武年间自玉津镇徙治惩非镇。县境有四望溪口巡司，北有石马关巡司。
荣县：元为荣州省入龙游县。洪武六年末(1374)复置荣州，来属嘉定府，九年(1376)降为荣县。
威远县：元省入龙游县。洪武六年末(1374)复置威远县，来属嘉定府；十年(1377)省入荣县，十三年(1380)复置威远县，仍属嘉定府。
泸州：元[无倚郭]属重庆路。洪武六年(1373)升为直隶州，属行省；洪武年间自州东茜草坝徙今治。西南有石棚镇巡司，北偏西有李市镇巡司。纳溪县：县境有纳溪口巡司。
江安县：南有板桥巡司。
合江县：洪武初年自神臂山南徙治安乐山麓。
九姓长官司：元为九姓罗氏党蛮夷长官千户所。洪武六年末(1374)改置九姓长官司，八年(1375)改属永宁宣抚司；天启六年(1626)改属泸州。
雅州：元为直隶州[无倚郭]，属朵甘思宣慰司。洪武四年(1371)属行省，并省倚郭严道县入州。
名山县：洪武十年(1377)省入雅州，十三年(1383)复置名山县，仍属雅州。
荥经县：明玉珍省入严道县。洪武初年复置荥经县，仍属雅州。
芦山县：元为卢山县省。洪武六年末(1474)置芦山县，来属雅州。西北有临关巡司。
百丈县：洪武四年(1371)省入名山县。平茶洞长官司：元为溶江芝子平茶长官司属思州宣慰司。洪武八年(1375)分置平茶洞长官司，改属酉阳宣抚司；十七年(1384)直属布政司。
客寨副长官司：洪武初年置客寨副长官司。
四川都司：
洪武四年(1371)置四川都卫，治成都府，八年(1375)改置四川都指挥使司。成都中卫：倚郭。洪武八年(1375)置成都中卫于成都府。
成都左卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都左卫于成都府，后废。成都右卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都右卫于成都府。灌县千户所：
景泰六年(1455)置灌县守御千户所于灌县。成都前卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都前卫于成都府。成都后卫：倚郭。洪武四年(1371)置成都后卫于成都府。
宁川卫：洪武十一年(1378)置宁川卫于成都府。重庆卫：洪武六年(1373)置重庆卫于重庆府。黔江千户所：
洪武十一年(1384)置黔江守御千户所于黔江县。酉阳宣慰司：元为酉阳州[无倚郭]属怀德府。洪武五年(1372)废。洪武五年(1372)于酉阳州置酉阳宣慰司，
八年(1375)降为酉阳宣抚司，属都司，永乐十六年(1418)改属重庆卫，天启元年(1621)复升为宣慰司。司境有宁俊江巡司。石耶洞长官司：元为石耶洞军民府属怀德府。
洪武八年(1375)改置石耶洞长官司，属酉阳宣抚司。地坝副长官司：永乐年间析石耶洞长官司置地坝副长官司。邑梅洞长官司：
元为佛乡洞长官司属怀德府，明玉珍改置邑梅沿边溪洞军民府。洪武八年(1375)改置邑梅洞长官司，属酉阳宣抚司；
十年(1377)自阿鲁徙治凯堡，
建文元年(1399)复徙治阿鲁，永乐初年徙治邑梅。俊倍洞副长官司：永乐年间改俊倍洞千户置俊倍洞副长官司。麻兔洞长官司：
洪武八年(1375)置麻兔洞长官司，后废。溶溪芝麻子坪长官司：元为溶江芝子平茶长官司属思州宣慰司。洪武八年(1375)分置溶溪芝麻子坪长官司，改属思南宣慰司；
十七年(1384)直属布政司，嘉靖二十五年(1546)徙治酉阳宣抚司上济里，寻省入酉阳宣抚司。利州卫：洪武三十一年(1398)置利州卫于广元县。茂州卫：洪武十一年(1378)置茂州卫于茂州。威州千户所：
洪武十八年(1385)置威州守御千户所于威州。陇木头长官司：洪武七年(1374)置陇木头长官司于茂州东北。静州长官司：
洪武七年(1374)置静州长官司于茂州东北。岳希蓬长官司：洪武七年(1374)置岳希蓬长官司于茂州西。松潘卫：元为松州属吐蕃宣慰司松潘叠宕威茂州宣抚司。洪武二十年(1387)废。洪武十一年(1378)置松州卫，
十三年(1380)废，寻复置松州卫，
二十年(1387)松州废，改置松潘等处军民卫
嘉靖二十四年(1563)改置松潘卫。小河千户所：宣德四年(1429)置小河守御千户所于涪水北。八朗安抚司：永乐十四年(1416)置八郎安抚司。麻儿匝安抚司：宣德二年(1427)置麻儿匝安抚司。阿角寨安抚司：
正统五年(1440)置阿角寨安抚司。芒儿者安抚司：
正统五年(1440)置芒儿者安抚司。思囊曰安抚司：
正统十一年(1446)置思囊曰安抚司。阿用簇长官司：宣德十年(1435)置阿用簇长官司。潘幹寨长官司：正统五年(1440)置潘幹寨长官司。占藏先结簇长官司：洪武十四年(1381)置占藏先结簇长官司。蜡匝簇长官司：
洪武十四年(1381)置蜡匝簇长官司。白马路簇长官司：洪武十四年(1381)置白马路簇长官司。山洞簇长官司：洪武十四年(1381)置山洞簇长官司。阿昔洞簇长官司：洪武十四年(1381)置阿昔洞簇长官司。北定簇长官司：
洪武十四年(1381)于北定关置北定簇长官司。麦匝簇长官司：洪武十四年(1381)置麦匝簇长官司。者多簇长官司：
洪武十四年(1381)置者多簇长官司。牟力结簇长官司：洪武十四年(1381)置牟力结簇长官司。班班簇长官司：
洪武十四年(1381)置班班簇长官司。祈命簇长官司：洪武十四年(1381)置祈命簇长官司。勒都簇长官司：
洪武十四年(1381)置勒都簇长官司。包藏先结簇长官司：洪武十四年(1381)置包藏簇长官司。阿思簇长官司：宣德十年(1435)置阿思簇长官司。潘州卫：元为潘州属吐蕃宣慰司松潘叠宕威茂州宣抚司。
洪武十一年(1378)置潘州卫，
三年(1380)废，寻复置潘州卫，二十年(1387)省入松州卫。叙南卫：洪武四年(1371)置叙南千户所于叙州府，
十年(1377)升置叙南卫。建武千户所：万历元年(1573)置建武守御千户所于兴文县西南武宁城。泸州卫：洪武二十一年(1388)置泸州卫于泸州，
成化四年(1468)徙治泸州西南渡船铺。岩州卫：
洪武年间置岩州卫于雅州西，后废。成都左护卫：明初置成都左护卫(属王府)。**成都右护卫：明初置成都右护卫(属王府)，后更名龙虎左卫，为在京卫。
成都中护卫：明初置成都中护卫(属王府)，后更名豹韬左卫，为在京卫。蜀府仪卫司：寿府仪卫司：后废。寿府群牧所：后废。保宁千户所：
洪武四年(1371)置保宁守御千户所于保宁府。青川千户所：
洪武七年(1374)置青川守御千户所于故青川县。广安千户所：洪武年间置广安守御千户所于广安州，后废；
宣德八年(1433)复置广安守御千户所。雅州千户所：
洪武四年(1371)置雅州守御千户所于雅州。黎州军民千户所：元为黎州直隶州，属朵甘思宣慰司。洪武五年(1372)省倚郭汉源县入州，永乐年间废。
洪武八年(1375)于黎州西南置黎州长官司，属行省，
十一年(1378)升为黎州安抚司，
万历二十四年(1596)改置黎州守御军民千户所，改属都司。黎州土千户所：
万历二十四年(1596)置黎州土千户所于大田坝。叠溪军民千
。