基地的人工智能红后为了防止病毒扩散关闭了整个基地，并启动了防御系统释放了神经毒气，迷晕了爱丽丝和他假老公，以及前来手机保护伞公司罪证的‘热心公民’马特。

检测到蜂巢的异常，保护伞公司派出了一只特遣小队（第五部还会以克隆体身份出现）前来关闭红后。

吸入神经毒气，爱丽丝和他的老公以及马特都陷入失忆后遗症，被特遣队抓住，一同乘坐轨道列车进入蜂巢。

在关闭红后的过程中，特遣队几乎全部扑街，爱丽丝、假老公和马特也相继的慢慢想起了自己的回忆。

在即将离开蜂巢时，感染了的假老公将爱丽丝等人困在房间里先行逃脱，在来的轨道列车上找到了解药却遭遇了舔食者（舌头超长的爬行怪），假老公扑街。

爱丽丝等人脱困后来到列车上，利用启动的列车把猎杀者（舔食者得到假老公基因后进化而成）拖在地上摩擦摩擦，猎杀者扑街。然后此时幸存者只剩下爱丽丝和马特两人。

逃出基地以后的爱丽丝和马特本以为终于得救，却被早已守在门口的保护伞工作人员抓住进行实验。

至此，复仇女神计划启动。

看完了生化危机第一部的所有剧情，爱丽丝终于想起来自己到底是谁了，只是看着自己最终在一个实验室里醒来，来到街道上也是空无一人，她的心里顿时有了非常不好的预感。

“接下来呢，接下来会发生什么？”爱丽丝问道。

“等你将你那个假老公偷来的T病毒拿给我，完成我们的交易，你就可以看到接下来发生的事了。”方城淡淡道。

“可是会有很多人死去，你就不能……”

“抱歉，爱丽丝，交易就是交易，这是原则问题，而且你现在看到了未来即将发生的事，能救多少人，就全看你自己了。”方城道。

老实说，对于爱丽丝这个人，他还是蛮喜欢的，尤其是对方一袭红裙真的很美，不过要说有什么想法，那还是算了，这可是救世主，一个人打通关的存在；当然，更关键的是，爱丽丝只是一个克隆人，她的本体是保护伞公司高层艾丽西亚·马库斯，一个行将就木的老太太。

“好吧，我会把东西拿来给你，只是就算我把那些人都救下来了，蜂巢的出口也有人在等着我们，这该怎么办？”爱丽丝问道。

“这可以算作一次交易，到时你可以请我帮助你，当然，这不是无偿的。”方城道。

“你要什么？”爱丽丝问道。

“你如果能将红后也带给我的话，我可以保证你们所有人的安全。”方城想了想道，蜂巢里除了T病毒，也就红后最具有价值了。

“行，就这样定了，我会把这两样东西拿来的。”爱丽丝道。

“好，我等你的好消息。”方城笑着道，看着面前一脸坚定的爱丽丝，心想救世主要登上舞台征战四方了，保护伞公司，你们准备好了吗？