曾国藩要求以将必亲选、兵必自找、层层节制的原则组建军队，自统领至兵勇都是逐级进行募选，改变了绿营中“兵与兵不相知，兵与将不相习”的弊病。

但也明显暴露了建立私家军队的用心，并从此就开创了近代中国“兵为将有”的先例，军阀拥兵割据的局面也就初显端倪了。

曾国藩在治军方略上苦费心机，主张用儒家学说治军，即用封建伦理纲常去教育官兵，以仁礼忠信作为治军之本去陶冶官兵。

他的目的就是要以此来维系军心，培植出一支完全绝对服从于自己的私家军队，所以他认为，“用兵者必先自治，而后制敌。”

曾国藩的军事思想好影响了几代人，且不说其同时代的湘、淮将领以曾国藩为楷模，就是其后的很多资产阶级军事家对曾国藩治军方略也推崇备至。

张之洞、袁世凯等在甲午战后采用西法编练新军时，还采纳了曾国藩治军的许多做法。

民国军事家蒋方震在他的《国防论》中赞赏曾国藩是近代史上“一个军事天才家”，还说凡领军者都应该效法曾国藩。

蒋某人明确表示要师承曾国藩，要求军队中的将领必须“认清历史，效法曾胡”，曾国藩治军最重视精神教育，尊崇曾国藩的“爱民为治兵第一要义”。

曾国藩一生奉行程朱理学，但对于程朱之学并未盲目崇拜，事实上，他对于宋明儒学其他支派的思想亦多所汲取，宋明理学实际上分为气学、理学和心学三个学术派别。

曾国藩在政治实践和军事斗争中也渐渐地看到了程朱理学“指示之语，或失于隘”、或“病于琐”、或“偏于静”的局限。

在这种情形下，曾国藩对心学表现出了宽容的学术姿态，对于程朱理学与陆王心学之学术争辩，他认为对于两家之争应取其同，避其异，扬其长，兼收并蓄，扬长避短，推进儒学的发展。

曾国藩还以气学在生成论方面的资源来弥补理学之局限，谓“张子之《正蒙》，醇厚正大，邈焉寡俦”。

依着气学的思路，曾国藩认为，天地万物均因禀气而生，气是构成天地万物的最终基元，在禀气而生这个意义上，天地万物是“同体”的。

不过，曾国藩同时认为，虽太和絪緼之气流行不止，天地万物最初所得之气“均耳”，但人与物、圣人与常人实所禀有之气并不相同。

就人与物相对而言，人得气之全，物却仅得气之偏，故人有知性，而物仅得物性。

就人类而言，圣人所禀之气清且厚，常人所禀之气却浊而薄。

曾国藩继承桐城派方苞、姚鼐而自立风格，创立晚清古文的“湘乡派”，乃湖湘文化的重要代表。

他论古文，讲求声调铿锵，以包蕴不尽为能事；所为古文，深宏骏迈，能运以汉赋气象，故有一种雄奇瑰玮的意境，能一振桐城派枯淡之弊，为后世所赞。

曾氏宗法桐城，但有所变革、发展，又选编了一部《经史百家杂钞》以作为文的典范，非桐城所可囿，世称为湘乡派。