于是，御史竞相上奏弹劾李善长，而李善长的奴仆卢仲谦等，也告发李善长与胡惟庸之间互相贿赠，经常偷偷私语。

这些证言显示，李善长虽是皇亲国戚，知道有叛逆阴谋却不揭发检举，而是徘徊观望，心怀两端，大逆不道。

当时正好有人说将要发生星变，会有灾祸发生，占卜的结果是灾祸应当降临在大臣身上，于是，太祖便连同其妻女弟侄等全家七十余人一并处死。

吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等人，都同时受胡惟庸牵连而死。

不久，被牵连的还有已故的营阳侯杨璟、济宁侯顾时等若干人，太祖亲自下诏罗列他们的罪状，加在狱辞里面，纂成《昭示奸党三录》，布告天下。

李善长之子李祺与公主被迁徙至江浦，过了一段时间后死去，李祺之子李芳、李茂，因公主之恩未被牵累判罪。

李芳任留守中卫指挥，李茂任旗手卫镇抚，但被取消世袭韩国公的权利。

李善长死后第二年，虞部郎中王国用上奏：“李善长与陛下同心，出生入死打天下，勋臣位列第一，生前封公，死后封王，儿娶公主，亲戚拜官，他作为人臣，名份已经到了极点。

即使他想自图不轨，尚且未曾可知，而今说他想帮助胡惟庸谋反，则是极为荒谬，大错特错了。

人们疼爱自己的亲生儿子，一定胜于兄弟之子，已经安享万全之富贵的人，一定不会去想侥幸获得万一之富贵，这是人之常情。

李善长与胡惟庸，仍然只是儿女亲戚，而对于陛下则像对子女一样的亲近。

假使李善长帮助胡惟庸谋反成功，也不过是位列勋臣第一而已，太师、国公、封王而已，娶公主、纳王妃而已，难道还会胜于今日吗？

而且李善长难道不明白天下是不能侥幸取得的吗？元朝末年，欲取天下者无限，却都莫不为此粉身碎骨，覆宗绝祀，能保全自己脑袋的有几个人呢？

李善长自己也亲眼所见，为什么还要在衰倦之年去重蹈覆辙呢？凡是去这么做的必然有深仇大恨促使着他，在大势已去的情况下，父子之间可能会相互扶持以求逃脱灾祸。

而现在李善长之子李祺与陛下有骨肉之亲，没有丝毫芥蒂，他何苦突然这么去做呢？

如果说天象告变，大臣受灾，杀了他以应天象，则陛下更加不能这样做。

臣惟恐天下百姓听说之后，会说像李善长这样的有功之臣尚且得到了如此下场，国家也会因此而分崩瓦解啊。

现在李善长已死，再说无益，但愿陛下将此作为将来的教训。”太祖收到上奏，竟然没有加罪王国用。

崇祯十七年，南明弘光帝追补开国名臣赠谥，李善长获追谥“襄愍”。

李善长是教书先生出身，他的加盟，对朱元璋意义重大，朱元璋称帝后，曾问群臣，谁的功劳最高？

大臣王国用上书道：“善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一!”朱元璋也称非常认同。