公元249年，司马懿发动“高平陵事变”，政变夺权，司马孚同司马师一起屯兵司马门，控制京师。

曹爽一党被诛杀，司马孚因功进爵长社县侯，加侍中，后来，司马孚升任司空，又代替王凌为太尉。

公元253年，孙吴太傅诸葛恪征发二十万人伐魏，围攻新城，司马孚督诸军二十万防御，到达寿春，派毌丘俭、文钦等进攻。

诸将想迅速出击，司马孚故意滞留了一个多月才进军，此时吴军士卒疲劳，加之瘟疫流行，于是望风而退。

公元255年，蜀将姜维进攻陇右，雍州刺史王经战败，朝廷派遣司马孚镇守关中，统领诸军。

不久，征西将军陈泰与安西将军邓艾进击姜维，姜维撤退，司马孚回到京师，转任太傅。

公元260年，魏帝曹髦不满司马昭专政，率宫人讨伐司马昭，于宫门处被杀。

百官不敢奔赴，司马孚前往，将曹髦的头部枕于自己大腿上，上奏请求捉拿主谋者，正赶上太后下令以平民的礼节安葬曹髦，司马孚、司马昭同群公上表，请求改以王礼安葬，得到批准。

司马懿执政之际，他就有意避免过多地参与权政，而后司马氏几次废立皇帝，他也未参与谋划。

司马师、司马昭因司马孚是长辈，也不敢逼迫他，后来进封他为长乐公。

公元265年，西晋代魏，魏帝曹奂被贬为陈留王，迁往金墉城，司马孚前往拜辞，握着曹奂的手，泪流满面，不能自制说：

“臣到死的那天，也是纯粹的大魏之臣！”

晋武帝司马炎封司马孚为安平王，食邑四万户，进拜太宰、持节、都督中外诸军事，设置官属。

每次元会时，司马炎下令让司马孚乘车上殿，司马炎则降阶相迎，等到就座后，司马炎亲自献酒祝寿，以家人之礼对待。

司马炎每次下拜，司马孚都下跪来制止，司马炎又赐予他云母辇、青盖车，司马孚虽被如此尊宠，却不以为荣，反而常有忧色。

公元272年，司马孚去世，享年九十三岁，司马炎于太极殿东堂为他举哀三日，赠“东园温明秘器、朝服一具、衣一袭、绯练百匹、绢布各五百匹、钱百万，谷千斛”以助丧事。

葬礼规格，比照东汉东平献王刘苍的旧例，司马孚临终时遗令：

“有魏贞士河内温县司马孚，字叔达，不伊不周，不夷不惠，立身行道，终始若一，当以素棺单椁，敛以时服。”

司马孚常被当作忠臣和长者，他的政治、军事才能一般不被人们重视。

他的军事才能虽然没有司马懿父子那样突出，但是也还算出色，也曾统帅部队支援关中、合肥新城，同蜀汉、吴国的部队作战，这其中以救援合肥新城一役最为有名。

吴国太傅诸葛恪指挥二十万大军，挟东关大胜之势攻打合肥新城，大将军司马师命司马孚统帅二十万大军救援合肥新城。