在天亮时分，局势基本上已经彻底稳定了下来。

崇祯帝命令太监敲起登文钟，召集众臣前来上朝。这时间已经比平时的上朝时间晚了一个时辰，在他又等了一个时辰后，竟然还有无数大臣缺席。询问之后，才知道除了一些大臣死于骚乱外，大部分人竟然在昨夜直接逃出了城。

崇祯帝恼怒的同时又感到了一些悲凉。这些人平时吃着荒凉，但只是听到一些流言就丢弃职责逃出城去。等到流贼真的打进京师，又如何指望他们为大明尽忠？崇祯帝在暴怒之下，下令清查所有不在场之人。重则入监，轻者去官，受惩责的人不计其数。

而朝堂之上，官官相护早就形成了一种传统，大小官吏彼此之间或多或少都有些关系。他们不敢质疑崇祯帝的决定，却可以把矛头对准下达打开城门，放人出城的周显。

周显放众人离开，本是为了减轻城中压力，以便兵卒尽快平定骚乱。但在有些大臣眼中，这却成了意图不轨的罪证。而当他们知道这一场骚乱的开端是从周显射杀薛濂开始的，一些在这场骚乱中死伤了家人，或者家被洗劫的众臣更是气愤万分。他们纷纷上书，要求崇祯皇帝重惩周显。

在这样的群情激愤中，周显的一点点过错都被无限的放大。最初，众臣只是讨论怎样对周显稍加惩处，但最后大有不斩了周显就无法平息民愤的地步。

而作为这场骚乱的另一个策划者高起潜，也比周显好不到什么地方去。他在骚乱发生之前便躲到了皇城里面，以为这样自己就可以摆脱嫌疑。但他没想到的是，周显直接下令抄了他的家，并从中搜出了近百万两白银。本来就对宦官集团不满的东林党人纷纷上书攻讦高起潜贪墨，让他对自己的这百万家产做出解释。

崇祯帝不堪压力，最后命人将周显下狱。而高起潜因为在崇祯帝面前承认自己贪墨，并言说愿意献出所有家产后，从而得到了崇祯帝的原谅。但对于贪墨之外的事情，他和周显完全一样，概不承认。

崇祯帝不信任朝廷大臣，外放的太监都是他的耳目，而高起潜是这些太监中唯一通晓军事，而且最有能力的一个。他从内心也不愿舍弃高起潜，在看到高起潜承认罪责后，也愿意给其一个机会。

松山之战中，明方洪承畴被俘，卢象升伤重而亡。而清方，阿济格被卢象升阵斩，济尔哈朗被曹变蛟重伤。因为双方兵力都折损巨大，在这段时间内，辽东除了一些小冲突外，再无发生什么大规模的战事。

但总兵李辅明上禀，说最近清军调动频繁，似乎要再次发起进攻。崇祯帝早欲在辽东再安插一个监军，只不过一直没有合适的人选。将高起潜贬黜京师到辽东出任监军，一方面可以平息了众人的愤怒，另一方面也可以助崇祯皇帝稍微控制一下辽东的军队。

而周显这边，处境显然比高起潜更难，毕竟后者只有一个贪墨的罪名。虽然崇祯帝心中知道周显并无大罪，甚至这场骚乱之所以能这么快止息，少不了他的果断行动。但当场射杀薛濂，在平叛过程中下达了对乱民格杀勿论的命令等这些行为都颇有争议。

那么多百姓被杀，那么多民房被烧，那么多公侯伯府被洗劫一空。到最后，所有的愤怒到最后都集中到了周显身上。